about BIOINFORMATIKA

Jargon yang paling sering didengungkan oleh komunitas ilmiah adalah ‘publish or die’. Mengapa? Hal itu dilakukan supaya hasil riset mereka memiliki visibility yang optimum pada komunitas ilmiah, dan dalam rangka sharing dengan audiens yang lebih luas.

Namun, bagaimanakah komunitas yang multi-disiplin, seperti komunitas bioinformatika, mendiseminasi hasil penelitian mereka? Apakah scientific publishing harus mahal? Bagaimana quality control suatu publikasi Bioinformatika?

Publikasi adalah bukti eksistensi Grup Riset Bioinformatika

Ada beberapa hal yang menjadi faktor penting untuk melakukan publikasi ilmiah dalam bidang bioinformatika. Pertama, diseminasi pipeline/metode baru untuk menyelesaikan masalah biomedis. Hal ini penting, sebab komunitas biomedis/kedokteran memerlukan suatu metode yang siap pakai untuk menyelesaikan masalah pre-klinis, yang secara langsung mendukung aktivitas di klinik. Di sini, publikasi menjadi semacam ‘formula siap saji’ untuk segera diaplikasikan pada dunia kedokteran.  Bioinformatika sangat bersinggungan dengan dunia kedokteran.

Publikasi adalah cara terbaik untuk menginformasikan komunitas kesehatan, yang memiliki kode etik dan prosedur kerja sangat sistematis. Komunitas kedokteran sudah menggunakan tools bioinformatika untuk menyelesaikan permasalahan biomedik, dan sudah banyak publikasi mengenai hal ini.

Kedua, diseminasi output dari software development. Sebagian besar adalah software open source, yang dipublikasikan pada jurnal open access. Contohnya PLoS Computational Biology, BMC Bioinformatics, dan Oxford Bioinformatics.

Namun, dikarenakan IT tidak secara mutlak mewajibkan publikasi ilmiah melalui penerbit, terkadang diunggah di preprint server saja cukup, dan dapat disitasi banyak peneliti lain jika memang ground breaking. Contoh preprint server yang terkenal adalah arxiv.

Fleksibilitas yang sangat luar biasa dari komunitas IT, menyebabkan output penelitian Bioinformatika di bidang ini sangatlah mudah untuk segera diaplikasikan di bidang lain, seperti pada ilmu Kimia, Biologi, Farmasi, ataupun Engineering.

Satu hal yang seyogyanya kita perhatikan, bahwa scientific publishing tidaklah harus mahal. Jurnal open access memang mewajibkan autor untuk membayar Article Processing Fee. Dalam beberapa hal, biaya tersebut bisa sangatlah mahal. Namun, umumnya jika peneliti memiliki home-base di negara berkembang, maka fee tersebut bisa dibebaskan atau di-waive.

Berdasarkan kemudahan funding dan keterbukaan akses pada komunitas ilmiah, maka memang publikasi open acces adalah pilihan yang baik untuk publikasi.

Jurnal Komunitas yang multi-disipliner

Berhubung scope Bioinformatika sangat luas dan multi-disipliner, maka tema riset ini dapat dipublikasikan pada berbagai macam bidang ilmu yang berbeda. Sebagai contoh, manuskrip riset bioinformatika dapat diterbitkan pada jurnal biologi, kimia, pharmaceutical chemistry, Farmasi, Kedokteran dasar/biomedis, Teknik Informatika, bioinformatika, komputasi biologi, dan Biokimia.

Dengan demikian, Komunitas penggiat Bioinformatika dapat diandaikan dan memang bekerja seperti komunitas Open Source yang sangat heterogen latar belakang akademisnya, yang tidak an sich terbatas pada ilmu komputer.

Bioinformatika adalah ilmu baru, yang sampai hari ini masih tetap berubah dengan sangat cepat. Sifat multi-disiplin ilmu ini, menjadikan berbagai komunitas memberikan kontribusi keilmuwan yang dapat saja berbeda, namun saling melengkapi dalam sinergis yang harmonis.

Jika demikian, pertanyaan yang timbul, bagaimana caranya mengontrol kualitas publikasi bioinformatika, jika komunitas yang terlibat sangatlah heterogen? Apakah kontrol kualitas yang begitu rumit seperti ini, tidak menyebabkan publikasi bioinformatika ‘tergelincir’ kepada kelompok jurnal abal-abal?

Jawabannya, walaupun bioinformatika sangatlah multi-disiplin, ternyata setiap peneliti tetap diwajibkan menguasai bidang ilmu murni masing-masing dengan baik. Seorang dokter, yang menekuni software development bioinformatika, tetap diwajibkan mengikuti pendidikan kedokteran dengan sebaik mungkin, dan mentaati etika kedokteran dalam setiap langkahnya.

Oleh karena itu, jika seorang dokter mempublikasi suatu artikel di jurnal bioinformatika, tetap saja yang bersangkutan banyak menggunakan prinsip kedokteran dalam penulisan artikel tersebut. Mitra bestari (reviewer) yang mengevaluasi artikel tersebut juga bisa berasal dari berbagai bidang ilmu. Dalam kasus yang kami sajikan ini, dapat saja kedua reviewernya berasal dari kedokteran dan IT.

Jadi ‘kemurnian’ ilmu home-base masing-masing peneliti tetap tercermin pada publikasi mereka, karena setiap latar belakang ilmu yang berbeda, memberikan ‘warna’ yang berbeda pula dalam kontribusi mereka.

Biology tidak lagi terbatas pada pencarian kualitatif. Jumlah besar data yang dihasilkan dari Genomics dan penelitian proteomik dan teknik terkait lainnya telah mengubah ilmu biologi menjadi semakin kuantitatif. Ada kebutuhan yang berkembang untuk keterampilan Bioinformatika untuk menangani ledakan data. Bagi banyak orang, terutama mereka yang sangat sedikit berkenalan dengan subjek, penawaran Bioinformatika dengan penelitian, pengembangan, atau aplikasi dari alat komputasi dan pendekatan untuk memperluas penggunaan biologis, data medis, perilaku atau kesehatan, termasuk yang untuk memperoleh, menyimpan, mengorganisir , arsip, menganalisis, atau memvisualisasikan data tersebut. Ini melibatkan penciptaan dan kemajuan algoritma, teknik komputasi dan statistik, dan teori untuk memecahkan masalah formal dan praktis yang ditimbulkan oleh atau terinspirasi dari manajemen dan analisis data biologi. Untuk memasukkannya ke dalam istilah sederhana, Bioinformatika adalah dimana domain biologi mendasar bertemu dengan orang-orang dari matematika, statistik dan ilmu komputasi untuk menganalisis data yang dihasilkan oleh sejumlah besar data eksperimen individu.

Domain Bioinformatika adalah berkembang cepat dan luas dan ini telah dirangsang sampai batas yang signifikan oleh penyelesaian dari urutan DNA manusia pada musim semi 2003. Dunia bioinformatika nilai pasar diperkirakan akan sekitar $ 7 miliar dolar pada tahun 2007. Mengingat pengeluaran saat ini di sektor bioteknologi terhadap informatika dan perangkat keras yang relevan, perangkat lunak dan layanan dan pertumbuhan industri biotek di seluruh dunia, akan ada sejumlah besar pengeluaran bioinformatika. Meskipun India masih ruang kecil di antara para pemimpin dunia bioinformatika, kesempatan untuk pertumbuhan sangat besar. Dengan pendapatan mencapai sekitar $ 19 juta dolar pada tahun 2005, India siap untuk menyentuh tanda yang diharapkan dari $ 3 miliar dolar pada akhir tahun 2010. Karena domain dari Bioinformatika adalah berakar pada ilmu kehidupan serta ilmu komputer dan informasi dan teknologi, suatu kebutuhan yang sangat besar telah muncul bagi orang-orang terampil dalam tidak hanya dasar-dasar ilmu biologi tetapi dengan pemahaman suara ilmu komputer juga. Orang dengan pelatihan formal, atau pengalaman dalam bioinformatika tidak menemukan sulit untuk mencari pekerjaan. Ada kebutuhan besar untuk bioinformaticists baik di bidang industri dan akademik. Bahkan, peluang kerja di lapangan sangat baik bahwa, pada saat ini, pengusaha potensial menemukan kesulitan untuk memenuhi kebutuhan mereka dari bakat bioinformatika terampil. Ini adalah kekhawatiran yang lebih besar bagi lembaga akademik sebagai aliran tenaga terampil selalu bias terhadap industri, dikaitkan dengan gaji yang menguntungkan dan jangka panjang manfaat kerja. Kenaikan peluang di bidang ini telah menyebabkan peningkatan jumlah program bioinformatika akademis di seluruh negeri. Ada program pelatihan jauh lebih akademis yang tersedia saat ini dari mereka beberapa tahun yang lalu, dengan universitas yang lebih berencana untuk menggelar program-program mereka. Para Departemen Bioteknologi, di bawah Departemen Ilmu dan Teknologi, India telah mendirikan Sistem Informasi Bioteknologi (BTIS) jaringan jalan kembali pada tahun 1987 untuk menciptakan infrastruktur yang memungkinkan untuk memanfaatkan, bioteknologi melalui penerapan Bioinformatika. BTIS saat ini diakui sebagai salah satu jaringan ilmiah besar di dunia yang didedikasikan untuk menyediakan negara-of-the-art infrastruktur, Pendidikan, tenaga kerja dan alat-alat dalam bioinformatika. Dalam BTIS, ada Sepuluh Pusat Informasi Terdistribusi. Pusat Apex terletak di Departemen Bioteknologi. Ada 46 Sub-Pusat Informasi Terdistribusi, yang terletak di berbagai universitas dan lembaga penelitian kepentingan nasional. Kursus jangka panjang di tingkat Diploma MSc posting di Bioinformatika yang ditawarkan di Pune University, JAWAharlal Nehru University, Universitas Calcutta dan Madurai Kamaraj Universitas, di daerah ini antar-disiplin. Informasi lebih lanjut tentang Pusat Informasi Terdistribusi dan Sub-Center yang tersebar di berbagai negara India dapat diperoleh dari situs resmi BTIS.

Mayor lembaga / universitas di India, menawarkan kursus khusus dalam garis ini adalah Institut Bioinformatika dan Bioteknologi Terapan (IBAB), Bangalore, India Institute of Technology, Delhi, India Institute of Technolog, Kharagpur, Pusat Biologi Seluler dan Molekuler (Hyderabad) , Institut Nasional Imunologi (New Delhi), Institut Teknologi Mikroba (Chandigarh). Madurai Kamaraj Universitas di Madurai mengklaim telah pertama di negara itu untuk memulai sebuah program bioinformatika dan diploma lanjutan dalam bioinformatika pada School Bioteknologi. Ada Diploma (Graduate) Lanjutan dalam Bioinformatika yang ditawarkan oleh Pusat Bioinformatika di Universitas Jawaharlal Nehru. Sebuah Diploma Lanjutan dalam Bioinformatika sedang ditawarkan di Pusat Bioinformatika di The University of Pune. Bioinformatics Institute India sedang melakukan kursus korespondensi satu tahun pada Program Industri di Bioinformatika, Biomedis Informatika, Clinical Trial dan Clinical Research, Pharma Regulatory Affairs, Bioteknologi. BII juga menawarkan berbagai program online melalui situs web mereka.

Ketika datang untuk menekan karir di bioinformatika, apa yang pada dasarnya mungkin butuhkan adalah: pengetahuan dasar biologi bersama dengan beberapa paparan teknik komputasi dan konsep. Namun, ada lingkup yang baik untuk bahkan mereka dengan Ilmu Komputer, Kimia Fisik dan latar belakang Fisika. Bahkan menurut para ahli, di relung tertentu dari lokakarya bioinformatika seperti mengembangkan dan menerapkan algoritma numerik dan data mining, programer komputer, Kimiawan Fisik dan Fisikawan cenderung lebih terampil dibandingkan dengan rekan-rekan biologis mereka. Bidang tumbuh bioinformatika telah membuat ruang yang baik bagi orang-orang dengan TI latar belakang dengan minat di bidang biologi, biologi molekuler khususnya. Keterampilan yang biasanya dicari dari calon dengan latar belakang TI - (a) pemahaman sederhana dan dasar entitas molekul seperti DNA, RNA, Protein dan proses molekuler seperti Transkripsi dan Terjemahan, yang untuk sebagian besar diurus oleh pelatihan disediakan oleh perusahaan. (B) Kemahiran dalam menggunakan dan mengelola database seperti Oracle, SQL Server, MySQL, Sybase. (C) Pemrograman keterampilan dalam JAWA, C, C + +, PERL, web scripting dll (C) Baik pemahaman (dalam kasus tertentu) dari platform sistem operasi seperti UNIX dan LINUX. (D) Informatika terkait keterampilan pemecahan masalah.

Ketika datang untuk menekan karir di bioinformatika, apa yang pada dasarnya mungkin memerlukan adalah pengetahuan dasar yang kuat biologi bersama dengan beberapa paparan teknik komputasi dan konsep. Namun, ada kesempatan bahkan untuk lulusan dalam Statistik, Kimia Fisik dan Fisika. Menurut para ahli, di relung tertentu dari bioinformatika seperti mengembangkan dan menerapkan algoritma numerik dan data mining, Kimiawan Fisik dan Fisikawan cenderung lebih terampil bila dibandingkan dengan rekan-rekan biologis mereka. Ada kesempatan yang cukup bagi mereka dengan latar belakang TI dengan minat yang kuat atau pengetahuan dalam ilmu biologi, biologi molekuler khususnya. Orang hanya dengan gelar ilmu biologi ilmu atau komputer bersama dengan gelar Master dalam biologi bioinformatika atau komputasi adalah satu profil terbaik untuk pergi dengan karir bioinformatika. Orang dengan Gelar Master biasanya tampak pada baik oleh perekrut karena menyediakan fondasi dasar bersama dengan beberapa pengalaman praktis yang biasanya kurang pada tingkat pascasarjana. Sedikit pengalaman kerja di TI dapat menambahkan bulu untuk topi Anda. Namun gelar sarjana di bidang bioinformatika juga merupakan pilihan yang dapat dipertimbangkan.

Majikan utama bioinformatika bakat saat ini industri obat merancang dan perangkat lunak bioinformatika dan solusi berbasis perusahaan. Lainnya termasuk perusahaan bioteknologi, terutama mereka yang terlibat dalam produk perawatan pribadi, organisme industri dan pertanian juga telah menunjukkan janji besar. Beberapa daerah yang menonjol dalam bioinformatika mana peluang yang timbul adalah Proteomika, pharmacogenomics, Genomics Fungsional, urutan Pemetaan dan Analisa, Data Mining dan Manajemen dll Sementara berburu untuk pekerjaan yang berhubungan dengan bioinformatika, hari ini, beberapa judul yang biasa untuk mempertimbangkan akan:

• Untuk Ahli biologi: bioinformatika, genetika, biologi Komputasi, biostatistician dll
• Untuk profesional TI: Aplikasi Programmer, Analis Programmer, Obyek Modeler, Engineer Quality Assurance, Software Engineer pengembangan, Bioinformatika Programmer / Analis / Pengembang dll

Apticraft Sistem (P) Ltd, sebuah perusahaan perangkat lunak perusahaan yang berbasis di Indore mempekerjakan ahli biologi dan ahli perangkat lunak untuk mengembangkan perangkat lunak untuk digunakan dalam penelitian ilmu kehidupan. Didirikan pada tahun 2001, Apticraft Systems adalah visi dari beberapa komputer teknokrat cerdas, yang telah secara aktif terlibat dalam bidang ini selama 10 yrs terakhir. Pada Sistem Apticraft, tujuannya adalah untuk membuat perangkat lunak kualitas terbaik dengan menggunakan praktek-praktek pengembangan perangkat lunak terbaik. Apticraft telah berhasil menawarkan keahlian pengembangan perangkat lunak dan layanan nilai tambah kepada klien kontrak yang memenuhi terkenal lembaga penelitian akademik, instansi pemerintah, perusahaan farmasi dan bioteknologi, di seluruh dunia.

KOMPUTASI DAN PARALLEL PROCESSING - Tugas Komputasi Modern Ke-3

Pada Materi kali ini saya akan membahas tentang Komputasi, Parallel Processing, Komputasi Parallel dan hubungan antara Komputasi dengan Parallel Processing.. Sebelumnya akan dibahas mengenai pengertian komputasi secara umum..


KOMPUTASI

Komputasi sebetulnya bisa diartikan sebagai cara untuk menemukan pemecahan masalah dari data input dengan menggunakan suatu algoritma. Hal ini ialah apa yang disebut dengan teori komputasi, suatu sub-bidang dari ilmu komputer dan matematika. Selama ribuan tahun, perhitungan dan komputasi umumnya dilakukan dengan menggunakan pena dan kertas, atau kapur dan batu tulis, atau dikerjakan secara mental, kadang-kadang dengan bantuan suatu tabel. Namun sekarang, kebanyakan komputasi telah dilakukan dengan menggunakan komputer.

Secara umum iIlmu komputasi adalah bidang ilmu yang mempunyai perhatian pada penyusunan model matematika dan teknik penyelesaian numerik serta penggunaan komputer untuk menganalisis dan memecahkan masalah-masalah ilmu (sains). Dalam penggunaan praktis, biasanya berupa penerapan simulasi komputer atau berbagai bentuk komputasi lainnya untuk menyelesaikan masalah-masalah dalam berbagai bidang keilmuan, tetapi dalam perkembangannya digunakan juga untuk menemukan prinsip-prinsip baru yang mendasar dalam ilmu.

Bidang ini berbeda dengan ilmu komputer (computer science), yang mengkaji komputasi, komputer dan pemrosesan informasi. Bidang ini juga berbeda dengan teori dan percobaan sebagai bentuk tradisional dari ilmu dan kerja keilmuan. Dalam ilmu alam, pendekatan ilmu komputasi dapat memberikan berbagai pemahaman baru, melalui penerapan model-model matematika dalam program komputer berdasarkan landasan teori yang telah berkembang, untuk menyelesaikan masalah-masalah nyata dalam ilmu tersebut..

PARALLEL PROCESSING

Parallel processing atau pemrosesan paralel memiliki pengertian yaitu penggunaan pada lebih dari satu CPU untuk menjalankan sebuah program secara simultan, atau penggunaan dua atau lebih tugas pada waktu yang sama dengan tujuan mempersingkat waktu penyelesaian tugas-tugas tersebut dengan cara mengoptimalkan resource pada sistem komputer yang ada pada tujuan yang sama. Maksudnya program dijalankan dengan banyak CPU secara bersamaan dengan tujuan untuk membuat program yang lebih baik dan dapat diproses dengan cepat. Dapat diambil kesimpulan bahwa pada parallel processing berbeda dengan istilah multitasking, yaitu satu CPU mengangani atau mengeksekusi beberapa program sekaligus, parallel processing dapat disebut juga dengan istilah parallel computing.

Pemrosesan paralel dapat mempersingkat waktu eksekusi suatu program dengan cara membagi suatu program menjadi bagian yang lebih kecil agar dapat dikerjakan pada masing-masing prosesor secara bersamaan. Performa dalam pemrosesan paralel diukur dari beberapa banyak peningkatan kecepatan yang diperoleh dalam menggunakan teknik paralel. Pada proses kerja pemrosesan paralel yaitu membagi beban kerja dan mendistribusikannya pada komputer-komputer lain yang terdapat dalam sistem untuk menyelesaikan masalah. Sistem yang akan dibangun tidak akan menggunakan komputer yang didedikasikan secara khusus untuk keperluan pemrosesan paralel melainkan menggunakan komputer yang telah ada. Maksudnya sistem ini akan terdiri dari sejumlah komputer dengan spesifikasi berbeda yang akan bekerja sama untuk menyelesaikan suatu masalah.

Kemampuan sistem paralel tergantung dari kemampuan pemrogram untuk membuat aplikasi terdistribusi ketika dijalankan pada sistem paralel. Jika node slave mempunyai prosessor lebih dari satu maka pemrogram harus memperhitungkan kemungkinan paralelisme 2 level : Paralelisme di dalam slvae node (intra-node parallelism) dan paralelisme antar slave node (inter-node parallelism). Inter-node parallelism menggunakan shared memory dalam node sehingga tidak melakukan pertukaran data secara explicit. Sedangkan inter-node parallelism melakukan pertukaran data lewat media yang menghubungkan antara node slave yang ada.

Komputasi Parallel

Komputasi Paralel merupakan salah satu teknologi paling menarik sejak ditemukannya komputer pada tahun 1940-an. Terobosan dalam pemorosesan parallel selalu berkembang dan mendapatkan tempat disamping teknologi-teknologi lainnya sejak Era Kebangkitan (1950-an), Era Mainframe (1960-an), Era Minis (1970-an), Era PC (1980-an), dan Era Komputer Paralel (1990-an). Dengan berbagai pengaruh atas perkembangan teknologi lainnya, dan bagaimana teknologi ini mengubah persepsi terhadap komputer, dapat dimengerti betapa pentingnya komputasi parallel itu. Pada komputasi paralel dibutuhkan saat kapasitas yang diperlukan sangat besar untuk memproses komputasi yang banyak. Di samping itu pemakai harus membuat pemrograman paralel untuk dapat merealisasikan komputasi. Pemrograman paralel memiki tujuan utama yaitu untuk meningkatkan performa komputasi. Oleh karena itu semakin banyak hal yang bisa dilakukan secara bersamaan dalam waktu yang sama, semakin banyak pekerjaan yang bisa diselesaikan.

Hubungan antara Komputasi Modern dengan Paralel Processing

Hubungan antara komputasi modern dan parallel processing sangat berkaitan, karena penggunaan komputer saat ini atau komputasi dianggap lebih cepat dibandingkan dengan penyelesaian masalah secara manual. Dengan begitu peningkatan kinerja atau proses komputasi semakin diterapkan, dan salah satu caranya adalah dengan meningkatkan kecepatan perangkat keras. Dimana komponen utama dalam perangkat keras komputer adalah processor. Sedangkan parallel processing adalah penggunaan beberapa processor (multiprocessor atau arsitektur komputer dengan banyak processor) agar kinerja computer semakin cepat.

Cukup sekian dan terimakasih..

SUMBER :

http://id.wikipedia.org/wiki/Komputasi

http://agabastian.wordpress.com/2012/04/04/kinerja-komputasi-dengan-parallel-processing/

http://bagusonthespot.blogspot.com/2012/04/parallel-processing.html

Komputasi Modern

Pengertian Komputasi

Komputasi adalah algoritma yang digunakan untuk menemukan suatu cara dalam memecahkan masalah dari sebuah data input. Data input disini adalah sebuah masukan yang berasal dari luar lingkungan sistem. Komputasi ini merupakan bagian dari ilmu komputer berpadu dengan ilmu matematika. Secara umum ilmu komputasi adalah bidang ilmu yang mempunyai perhatian pada penyusunan model matematika dan teknik penyelesaian numerik serta penggunaan komputer untuk menganalisis dan memecahkan masalah-masalah ilmu (sains). Dalam penggunaan secara umum, biasanya berupa penerapan simulasi komputer atau berbagai bidang keilmuan, tetapi dalam perkembangannya digunakan juga untuk menemukan prinsip-prinsip baru yang mendasar terhadap bidang ilmu yang mendasari teori ini. Bidang ini berbeda dengan ilmu komputer (computer science), yang mengkaji komputasi, komputer dan pemrosesan informasi. Bidang ini juga berbeda dengan teori dan percobaan sebagai bentuk tradisional dari ilmu dan kerja keilmuan. Dalam ilmu alam, pendekatan ilmu komputasi dapat memberikan berbagai pemahaman baru, melalui penerapan model-model matematika dalam program komputer berdasarkan landasan teori yang telah berkembang, untuk menyelesaikan masalah-masalah nyata dalam ilmu tersebut.

Pengertian Komputasi Modern

Komputasi modern bisa disebut sebuah konsep sistem yang menerima intruksi-intruksi dan menyimpannya dalam sebuah memory, memory disini bisa juga dari memory komputer. Oleh karena pada saat ini kita melakukan komputasi menggunakan komputer maka bisa dibilang komputer merupakan sebuah komputasi modern. Konsep ini pertama kali digagasi oleh John Von Neumann (1903-1957). Dalam kerjanya komputasi modern menghitung dan mencari solusi dari masalah yang ada, dan perhitungan yang dilakukan itu meliputi:

1.    Akurasi

2.    Kecepatan

3.    ProblemVolume Besar

4.    Modelling

5.    Kompleksitas

Sejarah Komputasi Modern

Dalam perkembangan komputasi modern, kita tidak bisa melupakan begitu saja orang dibalik perkembangan komputasi modern yang merubah semua pekerjaan jadi lebih mudah. Sejarah komputasi dimulai dari seseorang ilmuan yang ternama di bidang teknologi. Permulaan komputasi modern dimulai pada saat tahun 1926 oleh ilmuan yang berasal dari hungaria yang bernama John Von Neumann. 

Von Neumann seorang ilmuan yang belajar dari Berlin dan Zurich dan mendapatkan diploma pada bidang teknik kimia pada tahun 1926. Pada tahun yang sama dia mendapatkan gelar doktor pada bidang matematika dari Universitas Budapest. Berkat keahlian dan kepiawaiannya Von Neumann dalam bidang teori game yang melahirkan konsep seluler automata, teknologi bom atom, dan komputasi modern yang kemudian melahirkan komputer. Kegeniusannya dalam matematika telah terlihat semenjak kecil dengan mampu melakukan pembagian bilangan delapan digit (angka) di dalam kepalanya. Setelah mengajar di Berlin dan Hamburg, Von Neumann pindah ke Amerika pada tahun 1930 dan bekerja di Universitas Princeton serta menjadi salah satu pendiri Institute for Advanced Studies. Dipicu ketertarikannya pada hidrodinamika dan kesulitan penyelesaian persamaan diferensial parsial nonlinier yang digunakan, Von Neumann kemudian beralih dalam bidang komputasi. Sebagai konsultan pada pengembangan ENIAC, dia merancang konsep arsitektur komputer yang masih dipakai sampai sekarang. Arsitektur Von Nuemann adalah komputer dengan program yang tersimpan (program dan data disimpan pada memori) dengan pengendali pusat, I/O, dan memori. berdasarkan beberapa definisi di atas, maka komputasi modern dapat diartikan sebagai suatu pemecahan masalah berdasarkan suatu inputan dengan menggunakan algoritma dimana penerapannya menggunakan berbagai teknologi yang telah berkembang seperti komputer.

Contoh implementasi dalam bidang ilmu Komputasi Modern

Implementasi yang jelas terlihat ada pada ilmu Bioinformatika. Berikut akan dibahas bagaimana bioinformatika itu termasuk dalam implementasi dalam bidang ilmu komputasi modern.

Pengertian Bioinformatika

Bioinformatika, sesuai dengan asal katanya yaitu “bio” dan “informatika”, adalah gabungan antara ilmu biologi dan ilmu teknik informasi (TI). Pada umumnya, Bioinformatika didefenisikan sebagai aplikasi dari alat komputasi dan analisa untuk menangkap dan menginterpretasikan data-data biologi. Ilmu ini merupakan ilmu baru yang yang merangkup berbagai disiplin ilmu termasuk ilmu komputer, matematika dan fisika, biologi, dan ilmu kedokteran, dimana kesemuanya saling menunjang dan saling bermanfaat satu sama lainnya.

Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980-an untuk mengacu pada penerapan komputer dalam biologi. Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis) sudah dilakukan sejak tahun 1960-an.

Ilmu bioinformatika lahir atas insiatif para ahli ilmu komputer berdasarkan artificial intelligence. Mereka berpikir bahwa semua gejala yang ada di alam ini bisa diuat secara artificial melalui simulasi dari gejala-gejala tersebut. Untuk mewujudkan hal ini diperlukan data-data yang yang menjadi kunci penentu tindak-tanduk gejala alam tersebut, yaitu gen yang meliputi DNA atau RNA. Bioinformatika ini penting untuk manajemen data-data dari dunia biologi dan kedokteran modern. Perangkat utama Bioinformatika adalah program software dan didukung oleh kesediaan internet.

Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting dalam lahirnya bioinformatika. Teknologi DNA rekombinan memunculkan suatu pengetahuan baru dalam rekayasa genetika organisme yang dikenala bioteknologi. Perkembangan bioteknologi dari bioteknologi tradisional ke bioteknologi modren salah satunya ditandainya dengan kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA dan manipulasi DNA.

Sekuensing DNA satu organisme, misalnya suatu virus memiliki kurang lebih 5.000 nukleotida atau molekul DNA atau sekitar 11 gen, yang telah berhasil dibaca secara menyeluruh pada tahun 1977. Kemudia Sekuen seluruh DNA manusia terdiri dari 3 milyar nukleotida yang menyusun 100.000 gen dapat dipetakan dalam waktu 3 tahun, walaupun semua ini belum terlalu lengkap. Saat ini terdapat milyaran data nukleotida yang tersimpan dalam database DNA, GenBank di AS yang didirikan tahun 1982. Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Membicarakan bioinformatika, tak dapat lepas dari proses lahirnya bidang tersebut. Sebagaimana diketahui, bioteknologi dan teknologi informasi merupakan dua di antara berbagai teknologi penting yang mengalami perkembangan signifikan dalam beberapa tahun terakhir ini. Bioteknologi berakar dari bidang biologi, sedangkan perkembangan teknologi informasi tak dapat dilepaskan dari matematika. Umumnya biologi dan matematika dianggap adalah database utama dalam biologi molekuler, yang dikelola oleh NCBI (National Center for Biotechnology Information) di AS.

Cabang ilmu Bioinformatika

Bioinformatika merupakan suatu bidang interdisipliner. Banyak cabang-cabang disiplin ilmu yang terkait dengan Bioinformatika sehingga banyak pilihan bagi yang ingin mendalami Bioinformatika. Beberapa bidang yang terkait dengan Bioinformatika antara lain:

1.    Biophysics

Biophysics adalah sebuah bidang interdisipliner yang mengaplikasikan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British Biophysical Society).

2.    Computational Biology

Computational biology merupakan bagian dari Bioinformatika yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik. Fokus dari computational biology adalah gerak evolusi, populasi, dan biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel.

3.    Medical Informatics

Medical informatics adalah sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai pembelajaran, penemuan dan implementasi dari struktur dan algoritma untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi medis.

4.    Cheminformatics

Cheminformatics adalah kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan biologis dan pendekatan data-mining yang digunakan untuk penemuan dan pengembangan obat (Cambridge Healthech Institute’s Sixth Annual Cheminformatics conference).

5.    Genomics

Genomics adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom, kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha untuk menganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu spesies atau lebih.

6.    Mathematical Biology

Mathematical biology menangani masalah-masalah biologi, namun metode yang digunakan untuk menangani masalah tersebut tidak perlu secara numerik dan tidak perlu diimplementasikan dalam software maupun hardware.

7.    Proteomics

Proteomics berkaitan dengan studi kuantitatif dan kualitatif dari ekspresi gen di level dari protein-protein fungsional itu sendiri. Yaitu: “sebuah antarmuka antara biokimia protein dengan biologi molekul”.

8.    Pharmacogenomics

Pharmacogenomics adalah aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi pada identifikasi dari target-target obat.

9.    Pharmacogenetics

Pharmacogenetics adalah bagian dari pharmacogenomics yang menggunakan metode genomik atau Bioinformatika untuk mengidentifikasi hubungan-hubungan genomik.

Perkembangan dan Penerapan Bioinformatika

Dunia memasuki babak baru yang diberi nama borderless world atau dunia tanpa batas. Perkembangan teknologi yang tiada henti memungkinkan manusia untuk berekspresi dan saling berkompetisi untuk menemukan bidang ilmu pengetahuan dan teknologi yang baru.

Salah satu perkembangan ilmu yang menggabungkan aspek teknologi informasi (TI) dan aspek biologi adalah Bioinformatika. Disiplin ilmu yang merupakan salah satu topik paling hangat dibicarakan dewasa ini dalam sejarahnya tak lepas dari perkembangan bioteknologi di era tahun 70-an dimana seorang ilmuwan AS melakukan inovasi dalam mengembangkan teknologi DNA rekombinan sehingga pada akhirnya lahir perusahaan bioteknologi pertama di dunia, yaitu Genentech di AS. Perusahaan ini memproduksi protein hormon insulin dalam bakteri yang dibutuhkan penderita diabetes dimana selama ini insulin hanya bisa didapatkan dalam jumlah sangat terbatas dari organ pankreas sapi.

Definisi Bioinformatika menurut Fredj Tekaia dari Institut Pasteur adalah: “metode matematika, statistik dan komputasi yang bertujuan untuk menyelesaikan masalah-masalah biologi dengan menggunakan sekuen DNA dan asam amino dan informasi-informasi yang terkait dengannya”.

Salah satu pencapaian besar dalam metode Bioinformatika adalah selesainya proyek pemetaan genom manusia (Human Genom Project). Selesainya proyek raksasa tersebut menyebabkan bentuk dan prioritas dari riset dan penerapan Bioinformatika berubah. Secara umum dapat dikatakan bahwa proyek tersebut membawa perubahan besar pada sistem hidup kita, sehingga sering disebutkan –terutama oleh ahli biologi—bahwa kita saat ini berada di masa pascagenom.

Tahun 1997, Ian Wilmut dari Roslin Institute dan PPL Therapeutics Ltd, Edinburg, Skotlandia, berhasil mengklon gen manusia yang menghasilkan faktor IX (faktor pembekuan darah), dan memasukkan ke kromosom biri-biri. Diharapkan biri-biri yang selnya mengandung gen manusia faktor IX akan menghasilkan susu yang mengandung faktor pembekuan darah. Jika berhasil diproduksi dalam jumlah banyak maka faktor IX yang diisolasi dari susu harganya bisa lebih murah untuk membantu para penderita hemofilia.

Kesimpulan

Dari bahasan diatas, dapat diambil sebuah kesimpulan bahwa ilmu Komputasi Modern itu dapat diterapkan dalam berbagai disiplin ilmu seperti ilmu Bioinformatika ini. Jadi, tidak menutup kemungkinan ilmu Komputasi Modern ini dapat berkembang lebih pesat menjamuri berbagai disiplin ilmu lainnya.

MACAM - MACAM KOMPUTASI MODERN

1. Mobile computing

Mobile computing atau komputasi bergerak memiliki beberapa penjelasan, salah satunya komputasi bergerak merupakan kemajuan teknologi komputer sehingga dapat berkomunikasi menggunakan jaringan tanpa menggunakan kabel dan mudah dibawa atau berpindah tempat, tetapi berbeda dengan komputasi nirkabel.

2. Grid computing

Komputasi grid menggunakan komputer yang terpisah oleh geografis, didistibusikan dan terhubung oleh jaringan untuk menyelasaikan masalah komputasi skala besar.

3. Cloud computing

Komputasi cloud merupakan gaya komputasi yang terukur dinamis dan sumber daya virtual yang sering menyediakan layanan melalui internet.

Sumber :

http://id.wikipedia.org/wiki/Komputasi
http://nurlulu.blogspot.com/2011/02/pengantar-komputasi-modern.html

http://www.beritanet.com/Education/John-Von-Neumann.html
http://id.wikipedia.org/wiki/Teknologi_komputasi
http://id.wikipedia.org/wiki/Komputasi

http://www.beritanet.com

Web komputasi modern

Website Perusahaan Maskapai Penerbangan Yang Menggunakan Konsep Komputasi Modern

Komputasi Modern adalah konsep perhitungan, dimana menggabungkan perhitungan matematika standar dan logika yang menggunakan bantuan komputer dalam perhitungannya untuk mendapatkan solusi dan jalan keluar atas permasalahan yang ada dengan suatu algoritma. Komputasi sebelum masa modern ini dilakukan secara manual dan menggunakan perhitungan yang sederhana. Seiring dengan perkembangan zaman, dan perkembangan teknologi, komputasi matematis yang biasa di lakukan dengan menggunakan teknik sederhana dapat dilakukan secara otomatis, handal (reliable), dan akurat.

Ada 3 macam jenis komputasi modern :
1. Komputasi Bergerak (Mobile Computing)
2. Grid Computing
3. Cloud Computing

Disini saya akan memberikan satu contoh website sebuah perusahaan di bidang maskapai penerbangan yang kiranya mengimplementasikan konsep komputasi modern.

Website-nya adalah : http://www.airasia.com

Mungkin Anda pernah atau bahkan sering mengakses website tersebut. Saya akan membahas penggunaan konsep komputasi modern yang ada pada website tersebut berikut dengan pembahasan kelebihan dan kekurangan website.

Tampilan awal website :

Home Page

Pertama Anda membuka website perusahaan Air Asia. Anda akan di hadapkan dengan interface seperti di atas. Dimana ada banner berjalan yang menawarkan Anda harga-harga yang sangat murah dan menarik. Untuk memesan tiket perjalanan. Anda dapat mengisikan informasi pada bagian pemesanan tiket, di bagian kiri website.

Find ticket page

Setelah memasukkan kota asal dan tujuan, tanggal, dan jumlah tiket yang diinginkan, website akan mengarahkan kita ke halaman yang menunjukkan harga total tiket seluruhnya yang akan kita bayarkan. Dengan begitu, kita tidak perlu lagi menghitung jumlah harga tiket berikut dengan pajaknya, karena sudah terhitung secara otomatis.

Guests' information page

Halaman diatas adalah halaman yang mengharuskan Anda untuk memasukkan keterangan diri Anda. Mulai dari nama depan, nama belakang, nomor telefon, dan kewarganegaraan Anda.

Add-on optional page

Air Asia memberikan penawaran pilihan untuk Anda, yaitu perjalanan dengan disambut oleh karpet merah dan atau Anda ingin menggunakan asuransi atau tidak. Pilihan diatas adalah pilihan yang dapat Anda ambil maupun tidak, karena tidak wajib. Bila Anda memilih untuk menggukan pilihan yang di tawarkan tersebut, maka Anda akan dikenai biaya tambahan.

Pick-A-Seat

Halaman selanjutnya mengarahkan Anda pada pemilihan tempat duduk. Anda dapat memilih tempat duduk yang sesuai dengan keinginan Anda sendiri secara online dengan melihat tempat duduk yang kosong dengan warna abu-abu. Warna merah adalah pilihan tempat duduk Hot Seat yang dimana sering dipilih orang, maka dari itu harganya juga berbeda dengan tempat duduk biasa. 

Payment page

Setelah memilih tempat duduk yang sesuai dengan keinginan Anda, anda akan diarahkan pada halaman pembayaran. Pembayaran hanya dapat digunakan dengan menggunakan kartu kredit dari 4 bank yang di tawarkan, seperti gambar di atas. Tidak ada pembayaran secara trasnfer maupun cash. Maka dari itu, pembeli tiket online diharuskan mempunyai kartu kredit, karena perusahaan besar seperti contohnya perusahaan maskapai di seluruh dunia, hanya percaya pada pertanggungjawaban bank dalam segala macam pembayaran online.

Setelah selesai melakukan pembayaran, Anda akan langsung dikirimkan Itinenarry Ticket ke e-mail yang sudah Anda masukkan sebelumnya. Jadi, tiket Anda adalah sebuah surat elektronik yang dapat Anda cetak maupun tujukkan ke petugas penerbangan di bandara. Sangat mudah kan? :)

Komentar tentang website Air Asia :

Menurut saya, website maskapai penerbangan Air Asia sudah sangat baik, aman, lengkap dan handal. Hanya dengan mengakses website ini, penumpang dengan mudah memesan tiket yang diinginkan. Website-nya juga tidak sulit untuk dimengerti. Alur jelas dan tidak ribet. Komputasi yang akurat dan tepat juga menjadi andalan, karena segala harga dan pajak yang sudah dicantumkan akan terhitung dengan sedirinya. Kita sebagai pelanggan/penumpang hanya perlu mempersiapkan pembayaran dengan menggunakan kartu kredit, dengan hanya memasukkan nomor kartu kredit yang verified dari bank dimana tempat kita memiliki akun. Kelemahan dari website ini nyaris tidak ada. Hanya saja bila ada promo harga fantastis maupun harga kursi gratis yang sering di berikan perusahaan maskapai ini, maka secara otomatis akan sangat susah untuk mengakses web ini, bahkan nyaris tidak bisa karena dari berbagai negara mengakses promo yang diberikan. Perusahaan mungkin belum memperhitungkan daya tampung server yang harusnya sangat besar, supaya dapat menampung berjuta-juta orang pada saat promo. Website Air Asia ini menggunakan konsep komputasi modern Cloud Computing.

Ditulis oleh :

Lan Asi Bisuk M.

56509042

4IA20

Jawaban V-Class Jarkomlan Quis SONET

Pertanyaan :

1. Apakah dimaksud dengan komunikasi broadband ?
2. Sebutkan keuntungan SONET !
3. Jelaskan prinsip kerja dari ATM !
4. Apakah yang dimaksud dengan DSL

Jawaban : 

 

1. Komunikasi Broadband merupakan komunikasi data yang memiliki kecepatan tinggi dan juga memiliki bandwidth yang besar. 

2. Keuntungan SONET (Synchronous Optical Networking) :

- Dapat memberikan fungsionalitas yang bagus baik pada jaringan kecil, medium, maupun besar.

- Collector rings menyediakan interface ke seluruh aplikasi, termasuk local office, PABX, access multiplexer, BTS, dan terminal ATM.

- Manejemen bandwith berfungsi untuk proses routing, dan manajemen trafik.

- Jaringan backbone berfungsi menyediakan konektifitas untuk jaringan jarak jauh.

- Memiliki fitur redudansi yang mirip dengan FDDI.

3. Prinsip kerja ATM (Automatic Teller Machine) :

- Pada ATM, informasi dikirim dalam blok data dengan panjang tetap yang disebut sel. Sel merupakan unit dari switching dan transmisi.

- Untuk mendukung layanan dengan rate yang beragam, maka pada selang waktu tertentu dapat dikirimkan sel dengan jumlah sesuai dengan rate-nya.

- Sebuah sel terdiri atas information field yang berisi informasi pemakai dan sebuah header.

- Informasi field dikirim dengan transparan oleh jaringan ATM dan tak ada proses yang dikenakan padanya oleh jaringan.

- Urutan sel dijaga oleh jaringan, dan sel diterima dengan urutan yang sama seperti pada waktu kirim.

- Header berisi label yang melambangkan informasi jaringan seperti addressing dan routing.

- Dikatakan merupakan kombinasi dari konsep circuit dan packet switching, karena ATM memakai konsep connection oriented dan mengggunakan konsep paket berupa sel.

- Setiap hubungan mempunyai kapasitas transfer (bandwidth) yang ditentukan sesuai dengan permintaan pemakai, asalkan kapasitas atau resource-nya tersedia.

- Dengan resource yang sama, jaringan mampu atau dapat membawa beban yang lebih banyak karena jaringan mempunyai kemampuan statistical multiplexing.

 

4. DSL (Digital Subcriber Line) merupakan sebuah layanan internet berkecepatan tinggi yang bersaing dengan internet kabel yang menyediakan akses online kepada pelanggan lokal. DSL beroperasi melalui kabel telefon seperti layanan dial-up, namu lebih cepat dibandingkan dengan dial-up.