about BIOINFORMATIKA

Jargon yang paling sering didengungkan oleh komunitas ilmiah adalah ‘publish or die’. Mengapa? Hal itu dilakukan supaya hasil riset mereka memiliki visibility yang optimum pada komunitas ilmiah, dan dalam rangka sharing dengan audiens yang lebih luas.

Namun, bagaimanakah komunitas yang multi-disiplin, seperti komunitas bioinformatika, mendiseminasi hasil penelitian mereka? Apakah scientific publishing harus mahal? Bagaimana quality control suatu publikasi Bioinformatika?

Publikasi adalah bukti eksistensi Grup Riset Bioinformatika

Ada beberapa hal yang menjadi faktor penting untuk melakukan publikasi ilmiah dalam bidang bioinformatika. Pertama, diseminasi pipeline/metode baru untuk menyelesaikan masalah biomedis. Hal ini penting, sebab komunitas biomedis/kedokteran memerlukan suatu metode yang siap pakai untuk menyelesaikan masalah pre-klinis, yang secara langsung mendukung aktivitas di klinik. Di sini, publikasi menjadi semacam ‘formula siap saji’ untuk segera diaplikasikan pada dunia kedokteran.  Bioinformatika sangat bersinggungan dengan dunia kedokteran.

Publikasi adalah cara terbaik untuk menginformasikan komunitas kesehatan, yang memiliki kode etik dan prosedur kerja sangat sistematis. Komunitas kedokteran sudah menggunakan tools bioinformatika untuk menyelesaikan permasalahan biomedik, dan sudah banyak publikasi mengenai hal ini.

Kedua, diseminasi output dari software development. Sebagian besar adalah software open source, yang dipublikasikan pada jurnal open access. Contohnya PLoS Computational Biology, BMC Bioinformatics, dan Oxford Bioinformatics.

Namun, dikarenakan IT tidak secara mutlak mewajibkan publikasi ilmiah melalui penerbit, terkadang diunggah di preprint server saja cukup, dan dapat disitasi banyak peneliti lain jika memang ground breaking. Contoh preprint server yang terkenal adalah arxiv.

Fleksibilitas yang sangat luar biasa dari komunitas IT, menyebabkan output penelitian Bioinformatika di bidang ini sangatlah mudah untuk segera diaplikasikan di bidang lain, seperti pada ilmu Kimia, Biologi, Farmasi, ataupun Engineering.

Satu hal yang seyogyanya kita perhatikan, bahwa scientific publishing tidaklah harus mahal. Jurnal open access memang mewajibkan autor untuk membayar Article Processing Fee. Dalam beberapa hal, biaya tersebut bisa sangatlah mahal. Namun, umumnya jika peneliti memiliki home-base di negara berkembang, maka fee tersebut bisa dibebaskan atau di-waive.

Berdasarkan kemudahan funding dan keterbukaan akses pada komunitas ilmiah, maka memang publikasi open acces adalah pilihan yang baik untuk publikasi.

Jurnal Komunitas yang multi-disipliner

Berhubung scope Bioinformatika sangat luas dan multi-disipliner, maka tema riset ini dapat dipublikasikan pada berbagai macam bidang ilmu yang berbeda. Sebagai contoh, manuskrip riset bioinformatika dapat diterbitkan pada jurnal biologi, kimia, pharmaceutical chemistry, Farmasi, Kedokteran dasar/biomedis, Teknik Informatika, bioinformatika, komputasi biologi, dan Biokimia.

Dengan demikian, Komunitas penggiat Bioinformatika dapat diandaikan dan memang bekerja seperti komunitas Open Source yang sangat heterogen latar belakang akademisnya, yang tidak an sich terbatas pada ilmu komputer.

Bioinformatika adalah ilmu baru, yang sampai hari ini masih tetap berubah dengan sangat cepat. Sifat multi-disiplin ilmu ini, menjadikan berbagai komunitas memberikan kontribusi keilmuwan yang dapat saja berbeda, namun saling melengkapi dalam sinergis yang harmonis.

Jika demikian, pertanyaan yang timbul, bagaimana caranya mengontrol kualitas publikasi bioinformatika, jika komunitas yang terlibat sangatlah heterogen? Apakah kontrol kualitas yang begitu rumit seperti ini, tidak menyebabkan publikasi bioinformatika ‘tergelincir’ kepada kelompok jurnal abal-abal?

Jawabannya, walaupun bioinformatika sangatlah multi-disiplin, ternyata setiap peneliti tetap diwajibkan menguasai bidang ilmu murni masing-masing dengan baik. Seorang dokter, yang menekuni software development bioinformatika, tetap diwajibkan mengikuti pendidikan kedokteran dengan sebaik mungkin, dan mentaati etika kedokteran dalam setiap langkahnya.

Oleh karena itu, jika seorang dokter mempublikasi suatu artikel di jurnal bioinformatika, tetap saja yang bersangkutan banyak menggunakan prinsip kedokteran dalam penulisan artikel tersebut. Mitra bestari (reviewer) yang mengevaluasi artikel tersebut juga bisa berasal dari berbagai bidang ilmu. Dalam kasus yang kami sajikan ini, dapat saja kedua reviewernya berasal dari kedokteran dan IT.

Jadi ‘kemurnian’ ilmu home-base masing-masing peneliti tetap tercermin pada publikasi mereka, karena setiap latar belakang ilmu yang berbeda, memberikan ‘warna’ yang berbeda pula dalam kontribusi mereka.

Biology tidak lagi terbatas pada pencarian kualitatif. Jumlah besar data yang dihasilkan dari Genomics dan penelitian proteomik dan teknik terkait lainnya telah mengubah ilmu biologi menjadi semakin kuantitatif. Ada kebutuhan yang berkembang untuk keterampilan Bioinformatika untuk menangani ledakan data. Bagi banyak orang, terutama mereka yang sangat sedikit berkenalan dengan subjek, penawaran Bioinformatika dengan penelitian, pengembangan, atau aplikasi dari alat komputasi dan pendekatan untuk memperluas penggunaan biologis, data medis, perilaku atau kesehatan, termasuk yang untuk memperoleh, menyimpan, mengorganisir , arsip, menganalisis, atau memvisualisasikan data tersebut. Ini melibatkan penciptaan dan kemajuan algoritma, teknik komputasi dan statistik, dan teori untuk memecahkan masalah formal dan praktis yang ditimbulkan oleh atau terinspirasi dari manajemen dan analisis data biologi. Untuk memasukkannya ke dalam istilah sederhana, Bioinformatika adalah dimana domain biologi mendasar bertemu dengan orang-orang dari matematika, statistik dan ilmu komputasi untuk menganalisis data yang dihasilkan oleh sejumlah besar data eksperimen individu.

Domain Bioinformatika adalah berkembang cepat dan luas dan ini telah dirangsang sampai batas yang signifikan oleh penyelesaian dari urutan DNA manusia pada musim semi 2003. Dunia bioinformatika nilai pasar diperkirakan akan sekitar $ 7 miliar dolar pada tahun 2007. Mengingat pengeluaran saat ini di sektor bioteknologi terhadap informatika dan perangkat keras yang relevan, perangkat lunak dan layanan dan pertumbuhan industri biotek di seluruh dunia, akan ada sejumlah besar pengeluaran bioinformatika. Meskipun India masih ruang kecil di antara para pemimpin dunia bioinformatika, kesempatan untuk pertumbuhan sangat besar. Dengan pendapatan mencapai sekitar $ 19 juta dolar pada tahun 2005, India siap untuk menyentuh tanda yang diharapkan dari $ 3 miliar dolar pada akhir tahun 2010. Karena domain dari Bioinformatika adalah berakar pada ilmu kehidupan serta ilmu komputer dan informasi dan teknologi, suatu kebutuhan yang sangat besar telah muncul bagi orang-orang terampil dalam tidak hanya dasar-dasar ilmu biologi tetapi dengan pemahaman suara ilmu komputer juga. Orang dengan pelatihan formal, atau pengalaman dalam bioinformatika tidak menemukan sulit untuk mencari pekerjaan. Ada kebutuhan besar untuk bioinformaticists baik di bidang industri dan akademik. Bahkan, peluang kerja di lapangan sangat baik bahwa, pada saat ini, pengusaha potensial menemukan kesulitan untuk memenuhi kebutuhan mereka dari bakat bioinformatika terampil. Ini adalah kekhawatiran yang lebih besar bagi lembaga akademik sebagai aliran tenaga terampil selalu bias terhadap industri, dikaitkan dengan gaji yang menguntungkan dan jangka panjang manfaat kerja. Kenaikan peluang di bidang ini telah menyebabkan peningkatan jumlah program bioinformatika akademis di seluruh negeri. Ada program pelatihan jauh lebih akademis yang tersedia saat ini dari mereka beberapa tahun yang lalu, dengan universitas yang lebih berencana untuk menggelar program-program mereka. Para Departemen Bioteknologi, di bawah Departemen Ilmu dan Teknologi, India telah mendirikan Sistem Informasi Bioteknologi (BTIS) jaringan jalan kembali pada tahun 1987 untuk menciptakan infrastruktur yang memungkinkan untuk memanfaatkan, bioteknologi melalui penerapan Bioinformatika. BTIS saat ini diakui sebagai salah satu jaringan ilmiah besar di dunia yang didedikasikan untuk menyediakan negara-of-the-art infrastruktur, Pendidikan, tenaga kerja dan alat-alat dalam bioinformatika. Dalam BTIS, ada Sepuluh Pusat Informasi Terdistribusi. Pusat Apex terletak di Departemen Bioteknologi. Ada 46 Sub-Pusat Informasi Terdistribusi, yang terletak di berbagai universitas dan lembaga penelitian kepentingan nasional. Kursus jangka panjang di tingkat Diploma MSc posting di Bioinformatika yang ditawarkan di Pune University, JAWAharlal Nehru University, Universitas Calcutta dan Madurai Kamaraj Universitas, di daerah ini antar-disiplin. Informasi lebih lanjut tentang Pusat Informasi Terdistribusi dan Sub-Center yang tersebar di berbagai negara India dapat diperoleh dari situs resmi BTIS.

Mayor lembaga / universitas di India, menawarkan kursus khusus dalam garis ini adalah Institut Bioinformatika dan Bioteknologi Terapan (IBAB), Bangalore, India Institute of Technology, Delhi, India Institute of Technolog, Kharagpur, Pusat Biologi Seluler dan Molekuler (Hyderabad) , Institut Nasional Imunologi (New Delhi), Institut Teknologi Mikroba (Chandigarh). Madurai Kamaraj Universitas di Madurai mengklaim telah pertama di negara itu untuk memulai sebuah program bioinformatika dan diploma lanjutan dalam bioinformatika pada School Bioteknologi. Ada Diploma (Graduate) Lanjutan dalam Bioinformatika yang ditawarkan oleh Pusat Bioinformatika di Universitas Jawaharlal Nehru. Sebuah Diploma Lanjutan dalam Bioinformatika sedang ditawarkan di Pusat Bioinformatika di The University of Pune. Bioinformatics Institute India sedang melakukan kursus korespondensi satu tahun pada Program Industri di Bioinformatika, Biomedis Informatika, Clinical Trial dan Clinical Research, Pharma Regulatory Affairs, Bioteknologi. BII juga menawarkan berbagai program online melalui situs web mereka.

Ketika datang untuk menekan karir di bioinformatika, apa yang pada dasarnya mungkin butuhkan adalah: pengetahuan dasar biologi bersama dengan beberapa paparan teknik komputasi dan konsep. Namun, ada lingkup yang baik untuk bahkan mereka dengan Ilmu Komputer, Kimia Fisik dan latar belakang Fisika. Bahkan menurut para ahli, di relung tertentu dari lokakarya bioinformatika seperti mengembangkan dan menerapkan algoritma numerik dan data mining, programer komputer, Kimiawan Fisik dan Fisikawan cenderung lebih terampil dibandingkan dengan rekan-rekan biologis mereka. Bidang tumbuh bioinformatika telah membuat ruang yang baik bagi orang-orang dengan TI latar belakang dengan minat di bidang biologi, biologi molekuler khususnya. Keterampilan yang biasanya dicari dari calon dengan latar belakang TI - (a) pemahaman sederhana dan dasar entitas molekul seperti DNA, RNA, Protein dan proses molekuler seperti Transkripsi dan Terjemahan, yang untuk sebagian besar diurus oleh pelatihan disediakan oleh perusahaan. (B) Kemahiran dalam menggunakan dan mengelola database seperti Oracle, SQL Server, MySQL, Sybase. (C) Pemrograman keterampilan dalam JAWA, C, C + +, PERL, web scripting dll (C) Baik pemahaman (dalam kasus tertentu) dari platform sistem operasi seperti UNIX dan LINUX. (D) Informatika terkait keterampilan pemecahan masalah.

Ketika datang untuk menekan karir di bioinformatika, apa yang pada dasarnya mungkin memerlukan adalah pengetahuan dasar yang kuat biologi bersama dengan beberapa paparan teknik komputasi dan konsep. Namun, ada kesempatan bahkan untuk lulusan dalam Statistik, Kimia Fisik dan Fisika. Menurut para ahli, di relung tertentu dari bioinformatika seperti mengembangkan dan menerapkan algoritma numerik dan data mining, Kimiawan Fisik dan Fisikawan cenderung lebih terampil bila dibandingkan dengan rekan-rekan biologis mereka. Ada kesempatan yang cukup bagi mereka dengan latar belakang TI dengan minat yang kuat atau pengetahuan dalam ilmu biologi, biologi molekuler khususnya. Orang hanya dengan gelar ilmu biologi ilmu atau komputer bersama dengan gelar Master dalam biologi bioinformatika atau komputasi adalah satu profil terbaik untuk pergi dengan karir bioinformatika. Orang dengan Gelar Master biasanya tampak pada baik oleh perekrut karena menyediakan fondasi dasar bersama dengan beberapa pengalaman praktis yang biasanya kurang pada tingkat pascasarjana. Sedikit pengalaman kerja di TI dapat menambahkan bulu untuk topi Anda. Namun gelar sarjana di bidang bioinformatika juga merupakan pilihan yang dapat dipertimbangkan.

Majikan utama bioinformatika bakat saat ini industri obat merancang dan perangkat lunak bioinformatika dan solusi berbasis perusahaan. Lainnya termasuk perusahaan bioteknologi, terutama mereka yang terlibat dalam produk perawatan pribadi, organisme industri dan pertanian juga telah menunjukkan janji besar. Beberapa daerah yang menonjol dalam bioinformatika mana peluang yang timbul adalah Proteomika, pharmacogenomics, Genomics Fungsional, urutan Pemetaan dan Analisa, Data Mining dan Manajemen dll Sementara berburu untuk pekerjaan yang berhubungan dengan bioinformatika, hari ini, beberapa judul yang biasa untuk mempertimbangkan akan:

• Untuk Ahli biologi: bioinformatika, genetika, biologi Komputasi, biostatistician dll
• Untuk profesional TI: Aplikasi Programmer, Analis Programmer, Obyek Modeler, Engineer Quality Assurance, Software Engineer pengembangan, Bioinformatika Programmer / Analis / Pengembang dll

Apticraft Sistem (P) Ltd, sebuah perusahaan perangkat lunak perusahaan yang berbasis di Indore mempekerjakan ahli biologi dan ahli perangkat lunak untuk mengembangkan perangkat lunak untuk digunakan dalam penelitian ilmu kehidupan. Didirikan pada tahun 2001, Apticraft Systems adalah visi dari beberapa komputer teknokrat cerdas, yang telah secara aktif terlibat dalam bidang ini selama 10 yrs terakhir. Pada Sistem Apticraft, tujuannya adalah untuk membuat perangkat lunak kualitas terbaik dengan menggunakan praktek-praktek pengembangan perangkat lunak terbaik. Apticraft telah berhasil menawarkan keahlian pengembangan perangkat lunak dan layanan nilai tambah kepada klien kontrak yang memenuhi terkenal lembaga penelitian akademik, instansi pemerintah, perusahaan farmasi dan bioteknologi, di seluruh dunia.