Jargon yang paling sering didengungkan oleh komunitas ilmiah adalah ‘publish or die’. Mengapa? Hal itu dilakukan supaya hasil riset mereka memiliki visibility yang optimum pada komunitas ilmiah, dan dalam rangka sharing dengan audiens yang lebih luas.
Namun, bagaimanakah komunitas yang multi-disiplin, seperti komunitas bioinformatika, mendiseminasi hasil penelitian mereka? Apakah scientific publishing harus mahal? Bagaimana quality control suatu publikasi Bioinformatika?
Publikasi adalah bukti eksistensi Grup Riset Bioinformatika
Ada beberapa hal yang menjadi faktor penting untuk melakukan publikasi ilmiah dalam bidang bioinformatika. Pertama, diseminasi pipeline/metode baru untuk menyelesaikan masalah biomedis. Hal ini penting, sebab komunitas biomedis/kedokteran memerlukan suatu metode yang siap pakai untuk menyelesaikan masalah pre-klinis, yang secara langsung mendukung aktivitas di klinik. Di sini, publikasi menjadi semacam ‘formula siap saji’ untuk segera diaplikasikan pada dunia kedokteran. Bioinformatika sangat bersinggungan dengan dunia kedokteran.
Publikasi adalah cara terbaik untuk menginformasikan komunitas kesehatan, yang memiliki kode etik dan prosedur kerja sangat sistematis. Komunitas kedokteran sudah menggunakan tools bioinformatika untuk menyelesaikan permasalahan biomedik, dan sudah banyak publikasi mengenai hal ini.
Kedua, diseminasi output dari software development. Sebagian besar adalah software open source, yang dipublikasikan pada jurnal open access. Contohnya PLoS Computational Biology, BMC Bioinformatics, dan Oxford Bioinformatics.
Namun, dikarenakan IT tidak secara mutlak mewajibkan publikasi ilmiah melalui penerbit, terkadang diunggah di preprint server saja cukup, dan dapat disitasi banyak peneliti lain jika memang ground breaking. Contoh preprint server yang terkenal adalah arxiv.
Fleksibilitas yang sangat luar biasa dari komunitas IT, menyebabkan output penelitian Bioinformatika di bidang ini sangatlah mudah untuk segera diaplikasikan di bidang lain, seperti pada ilmu Kimia, Biologi, Farmasi, ataupun Engineering.
Satu hal yang seyogyanya kita perhatikan, bahwa scientific publishing tidaklah harus mahal. Jurnal open access memang mewajibkan autor untuk membayar Article Processing Fee. Dalam beberapa hal, biaya tersebut bisa sangatlah mahal. Namun, umumnya jika peneliti memiliki home-base di negara berkembang, maka fee tersebut bisa dibebaskan atau di-waive.
Berdasarkan kemudahan funding dan keterbukaan akses pada komunitas ilmiah, maka memang publikasi open acces adalah pilihan yang baik untuk publikasi.
Jurnal Komunitas yang multi-disipliner
Berhubung scope Bioinformatika sangat luas dan multi-disipliner, maka tema riset ini dapat dipublikasikan pada berbagai macam bidang ilmu yang berbeda. Sebagai contoh, manuskrip riset bioinformatika dapat diterbitkan pada jurnal biologi, kimia, pharmaceutical chemistry, Farmasi, Kedokteran dasar/biomedis, Teknik Informatika, bioinformatika, komputasi biologi, dan Biokimia.
Dengan demikian, Komunitas penggiat Bioinformatika dapat diandaikan dan memang bekerja seperti komunitas Open Source yang sangat heterogen latar belakang akademisnya, yang tidak an sich terbatas pada ilmu komputer.
Bioinformatika adalah ilmu baru, yang sampai hari ini masih tetap berubah dengan sangat cepat. Sifat multi-disiplin ilmu ini, menjadikan berbagai komunitas memberikan kontribusi keilmuwan yang dapat saja berbeda, namun saling melengkapi dalam sinergis yang harmonis.
Jika demikian, pertanyaan yang timbul, bagaimana caranya mengontrol kualitas publikasi bioinformatika, jika komunitas yang terlibat sangatlah heterogen? Apakah kontrol kualitas yang begitu rumit seperti ini, tidak menyebabkan publikasi bioinformatika ‘tergelincir’ kepada kelompok jurnal abal-abal?
Jawabannya, walaupun bioinformatika sangatlah multi-disiplin, ternyata setiap peneliti tetap diwajibkan menguasai bidang ilmu murni masing-masing dengan baik. Seorang dokter, yang menekuni software development bioinformatika, tetap diwajibkan mengikuti pendidikan kedokteran dengan sebaik mungkin, dan mentaati etika kedokteran dalam setiap langkahnya.
Oleh karena itu, jika seorang dokter mempublikasi suatu artikel di jurnal bioinformatika, tetap saja yang bersangkutan banyak menggunakan prinsip kedokteran dalam penulisan artikel tersebut. Mitra bestari (reviewer) yang mengevaluasi artikel tersebut juga bisa berasal dari berbagai bidang ilmu. Dalam kasus yang kami sajikan ini, dapat saja kedua reviewernya berasal dari kedokteran dan IT.
Jadi ‘kemurnian’ ilmu home-base masing-masing peneliti tetap tercermin pada publikasi mereka, karena setiap latar belakang ilmu yang berbeda, memberikan ‘warna’ yang berbeda pula dalam kontribusi mereka.
Biology tidak lagi terbatas pada pencarian
kualitatif. Jumlah besar data yang dihasilkan dari Genomics dan
penelitian proteomik dan teknik terkait lainnya telah mengubah ilmu
biologi menjadi semakin kuantitatif. Ada kebutuhan yang berkembang untuk
keterampilan Bioinformatika untuk menangani ledakan data. Bagi
banyak orang, terutama mereka yang sangat sedikit berkenalan dengan
subjek, penawaran Bioinformatika dengan penelitian, pengembangan, atau
aplikasi dari alat komputasi dan pendekatan untuk memperluas penggunaan
biologis, data medis, perilaku atau kesehatan, termasuk yang untuk
memperoleh, menyimpan, mengorganisir , arsip, menganalisis, atau
memvisualisasikan data tersebut. Ini melibatkan penciptaan dan kemajuan
algoritma, teknik komputasi dan statistik, dan teori untuk memecahkan
masalah formal dan praktis yang ditimbulkan oleh atau terinspirasi dari
manajemen dan analisis data biologi. Untuk memasukkannya ke dalam
istilah sederhana, Bioinformatika adalah dimana domain biologi mendasar
bertemu dengan orang-orang dari matematika, statistik dan ilmu komputasi
untuk menganalisis data yang dihasilkan oleh sejumlah besar data
eksperimen individu.
Domain
Bioinformatika adalah berkembang cepat dan luas dan ini telah
dirangsang sampai batas yang signifikan oleh penyelesaian dari urutan
DNA manusia pada musim semi 2003. Dunia bioinformatika nilai pasar
diperkirakan akan sekitar $ 7 miliar dolar pada tahun 2007. Mengingat
pengeluaran saat ini di sektor bioteknologi terhadap informatika dan
perangkat keras yang relevan, perangkat lunak dan layanan dan
pertumbuhan industri biotek di seluruh dunia, akan ada sejumlah besar
pengeluaran bioinformatika. Meskipun India masih ruang kecil di antara
para pemimpin dunia bioinformatika, kesempatan untuk pertumbuhan sangat
besar. Dengan pendapatan mencapai sekitar $ 19 juta dolar pada tahun
2005, India siap untuk menyentuh tanda yang diharapkan dari $ 3 miliar
dolar pada akhir tahun 2010. Karena domain dari Bioinformatika adalah
berakar pada ilmu kehidupan serta ilmu komputer dan informasi dan
teknologi, suatu kebutuhan yang sangat besar telah muncul bagi
orang-orang terampil dalam tidak hanya dasar-dasar ilmu biologi tetapi
dengan pemahaman suara ilmu komputer juga. Orang dengan pelatihan
formal, atau pengalaman dalam bioinformatika tidak menemukan sulit untuk
mencari pekerjaan. Ada kebutuhan besar untuk bioinformaticists baik di
bidang industri dan akademik. Bahkan, peluang kerja di lapangan sangat
baik bahwa, pada saat ini, pengusaha potensial menemukan kesulitan untuk
memenuhi kebutuhan mereka dari bakat bioinformatika terampil. Ini
adalah kekhawatiran yang lebih besar bagi lembaga akademik sebagai
aliran tenaga terampil selalu bias terhadap industri, dikaitkan dengan
gaji yang menguntungkan dan jangka panjang manfaat kerja. Kenaikan
peluang di bidang ini telah menyebabkan peningkatan jumlah program
bioinformatika akademis di seluruh negeri. Ada program pelatihan jauh
lebih akademis yang tersedia saat ini dari mereka beberapa tahun yang
lalu, dengan universitas yang lebih berencana untuk menggelar
program-program mereka. Para Departemen Bioteknologi, di bawah
Departemen Ilmu dan Teknologi, India telah mendirikan Sistem Informasi
Bioteknologi (BTIS) jaringan jalan kembali pada tahun 1987 untuk
menciptakan infrastruktur yang memungkinkan untuk memanfaatkan,
bioteknologi melalui penerapan Bioinformatika. BTIS saat ini diakui
sebagai salah satu jaringan ilmiah besar di dunia yang didedikasikan
untuk menyediakan negara-of-the-art infrastruktur, Pendidikan,
tenaga kerja dan alat-alat dalam bioinformatika. Dalam BTIS, ada Sepuluh
Pusat Informasi Terdistribusi. Pusat Apex terletak di Departemen Bioteknologi. Ada 46 Sub-Pusat
Informasi Terdistribusi, yang terletak di berbagai universitas dan
lembaga penelitian kepentingan nasional. Kursus jangka panjang di
tingkat Diploma MSc posting di Bioinformatika yang ditawarkan di Pune
University, JAWAharlal Nehru University, Universitas Calcutta dan Madurai Kamaraj Universitas,
di daerah ini antar-disiplin. Informasi lebih lanjut tentang Pusat
Informasi Terdistribusi dan Sub-Center yang tersebar di berbagai negara
India dapat diperoleh dari situs resmi BTIS.
Mayor
lembaga / universitas di India, menawarkan kursus khusus dalam garis
ini adalah Institut Bioinformatika dan Bioteknologi Terapan (IBAB),
Bangalore, India Institute of Technology, Delhi, India Institute of
Technolog, Kharagpur, Pusat Biologi Seluler dan Molekuler (Hyderabad) ,
Institut Nasional Imunologi (New Delhi), Institut Teknologi Mikroba
(Chandigarh). Madurai Kamaraj Universitas di Madurai mengklaim telah
pertama di negara itu untuk memulai sebuah program bioinformatika dan
diploma lanjutan dalam bioinformatika pada School Bioteknologi. Ada
Diploma (Graduate) Lanjutan dalam Bioinformatika yang ditawarkan oleh
Pusat Bioinformatika di Universitas Jawaharlal Nehru. Sebuah Diploma
Lanjutan dalam Bioinformatika sedang ditawarkan di Pusat Bioinformatika
di The University of Pune. Bioinformatics Institute India sedang
melakukan kursus korespondensi satu tahun pada Program Industri di
Bioinformatika, Biomedis Informatika, Clinical Trial dan Clinical
Research, Pharma Regulatory Affairs, Bioteknologi. BII juga menawarkan
berbagai program online melalui situs web mereka.
Ketika
datang untuk menekan karir di bioinformatika, apa yang pada dasarnya
mungkin butuhkan adalah: pengetahuan dasar biologi bersama dengan
beberapa paparan teknik komputasi dan konsep. Namun, ada lingkup yang
baik untuk bahkan mereka dengan Ilmu Komputer, Kimia Fisik dan latar
belakang Fisika. Bahkan menurut para ahli, di relung tertentu dari
lokakarya bioinformatika seperti mengembangkan dan menerapkan algoritma
numerik dan data mining, programer komputer, Kimiawan Fisik dan
Fisikawan cenderung lebih terampil dibandingkan dengan rekan-rekan
biologis mereka. Bidang tumbuh bioinformatika telah membuat ruang yang
baik bagi orang-orang dengan TI latar belakang dengan minat di bidang
biologi, biologi molekuler khususnya. Keterampilan yang biasanya dicari
dari calon dengan latar belakang TI - (a) pemahaman sederhana dan dasar
entitas molekul seperti DNA, RNA, Protein dan proses molekuler seperti
Transkripsi dan Terjemahan, yang untuk sebagian besar diurus oleh
pelatihan disediakan oleh perusahaan. (B) Kemahiran dalam menggunakan
dan mengelola database seperti Oracle, SQL Server, MySQL, Sybase. (C)
Pemrograman keterampilan dalam JAWA, C, C + +, PERL, web scripting dll
(C) Baik pemahaman (dalam kasus tertentu) dari platform sistem operasi
seperti UNIX dan LINUX. (D) Informatika terkait keterampilan pemecahan
masalah.
Ketika datang untuk menekan karir di
bioinformatika, apa yang pada dasarnya mungkin memerlukan adalah
pengetahuan dasar yang kuat biologi bersama dengan beberapa paparan
teknik komputasi dan konsep. Namun, ada kesempatan bahkan untuk lulusan
dalam Statistik, Kimia Fisik dan Fisika. Menurut para ahli, di relung
tertentu dari bioinformatika seperti mengembangkan dan menerapkan
algoritma numerik dan data mining, Kimiawan Fisik dan Fisikawan
cenderung lebih terampil bila dibandingkan dengan rekan-rekan biologis
mereka. Ada kesempatan yang cukup bagi mereka dengan latar belakang TI
dengan minat yang kuat atau pengetahuan dalam ilmu biologi, biologi
molekuler khususnya. Orang hanya dengan gelar ilmu biologi ilmu atau
komputer bersama dengan gelar Master dalam biologi bioinformatika atau komputasi adalah satu profil terbaik untuk pergi dengan karir bioinformatika. Orang dengan Gelar Master
biasanya tampak pada baik oleh perekrut karena menyediakan fondasi
dasar bersama dengan beberapa pengalaman praktis yang biasanya kurang
pada tingkat pascasarjana. Sedikit pengalaman kerja di TI dapat
menambahkan bulu untuk topi Anda. Namun gelar sarjana di bidang
bioinformatika juga merupakan pilihan yang dapat dipertimbangkan.
Majikan
utama bioinformatika bakat saat ini industri obat merancang dan
perangkat lunak bioinformatika dan solusi berbasis perusahaan. Lainnya
termasuk perusahaan bioteknologi, terutama mereka yang terlibat dalam
produk perawatan pribadi, organisme industri dan pertanian juga telah
menunjukkan janji besar. Beberapa daerah yang menonjol dalam
bioinformatika mana peluang yang timbul adalah Proteomika,
pharmacogenomics, Genomics Fungsional, urutan Pemetaan dan Analisa, Data
Mining dan Manajemen dll Sementara berburu untuk pekerjaan yang
berhubungan dengan bioinformatika, hari ini, beberapa judul yang biasa
untuk mempertimbangkan akan:
- Untuk Ahli biologi: bioinformatika, genetika, biologi Komputasi, biostatistician dll
- Untuk profesional TI: Aplikasi Programmer, Analis Programmer, Obyek Modeler, Engineer Quality Assurance, Software Engineer pengembangan, Bioinformatika Programmer / Analis / Pengembang dll
Apticraft
Sistem (P) Ltd, sebuah perusahaan perangkat lunak perusahaan yang
berbasis di Indore mempekerjakan ahli biologi dan ahli perangkat lunak
untuk mengembangkan perangkat lunak untuk digunakan dalam penelitian
ilmu kehidupan. Didirikan pada tahun 2001, Apticraft Systems adalah visi
dari beberapa komputer teknokrat cerdas, yang telah secara aktif
terlibat dalam bidang ini selama 10 yrs terakhir. Pada Sistem Apticraft,
tujuannya adalah untuk membuat perangkat lunak kualitas terbaik dengan
menggunakan praktek-praktek pengembangan perangkat lunak terbaik.
Apticraft telah berhasil menawarkan keahlian pengembangan perangkat
lunak dan layanan nilai tambah kepada klien kontrak yang memenuhi
terkenal lembaga penelitian akademik, instansi pemerintah, perusahaan
farmasi dan bioteknologi, di seluruh dunia.
